Stefan Matousch wurde in Salzburg geboren und absolvierte am dortigen Mozarteum sein Schauspielstudium. Er folgten Engagements an die Städtischen Bühnen Ulm und ans Theater am Goetheplatz Bremen und Arbeiten mit Kurt Hübner, Klaus Michael Grüber und Rainer Werner Fassbinder. Danach ging Stefan Matousch für ein Jahr auf Reisen durch den mittleren Osten.

Nach seiner Rückkehr gründete er in Berlin das Magische Theater in einem ehemaligen Wirtshaus, das mit Goethes Faust eröffnete. Nach erfolgreichen Jahren als Privattheater-Unternehmer folgten Engagements u. a. an die Tribüne Berlin, Grips Theater Berlin, Schillertheater Berlin, Staatstheater Wiesbaden, Schauspiel Bochum, Schauspielhaus Köln, Wuppertaler Bühnen, Nationaltheater Mannheim, Theater Basel, Ruhrfestspiele Recklinghausen, Festspiele Bad Hersfeld und zu Roberto Ciulli ans Theater Mühlheim an der Ruhr mit vielen Auslandsgastspielen.

Seit 1997 war Stefan Matousch als ständiger Gast erfolgreich am Theater in der Josefstadt tätig.

Arbeiten für Film und Fernsehen entstanden, u. a. mit Harun Farocki, Dieter Wedel und der Film Atmen von Karl Markovics, der den Österreichischen Filmpreis erhielt.

Ab der Spielzeit 1998/99 war Stefan Matousch festes Ensemblemitglied des Landestheater Linz.